Độc tố của N. meningitidis là nội độc tố do chất lipopolysaccharide (LPS) là thành phần của thành tế bào vi khuẩn. Các độc tố khác là polysaccharide của nang có nhiệm vụ ngăn chặn sự thực bào của đáp ứng miễn dịch của cơ thể ký chủ; và chiên mao có vai trò giúp cho vi khuẩn bám vào tế bào biểu mô của mũi-họng.[9][10]

Gần đây một dòng sản sinh siêu độc tố được khám phá ở Trung Quốc. Tác động của độc tố này đang được xác định.[3]